Педагогічний процес у МАН мас свої особливості, які відрізняють його від звичайних уроків у школі. І, перш за все, це те, що плани й програми наукових гуртків, клубів, секцій, на відміну від стабільних навчальних програм, охоплюють такі галузі знань і практичної діяльності, які виходять за межі уроку, враховуючи індивідуальні інтереси та творчий потенціал (можливості) конкретних дітей.

    Для того, щоб учень виявив бажання працювати над науковим дослідженням, у нього необхідно пробудити це бажання, сформувати дослідницьку мотивацію. Із членами НТУ необхідно 1-2 рази на місяць проводити заняття, спрямовані на розвиток інтелектуальних умінь. Кожне заняття покликане ставити конкретні завдання, які допоможуть школярам по-новому поглянути на власну інтелектуальну діяльність, оцінити досягнення людей, що мають великі успіхи в науці.

        Діти завжди дуже серйозно й охоче працюють в лабораторіях поруч із науковцями, пишаються тим, що хоч і маленьке, але таке важливе відкриття зробили. Вони мають перед собою приклад – як треба працювати, розуміють, що їхня праця буде використовуватись і в подальшій роботі цих лабораторій. Головним є те, що учні вчаться ретельно проводити дослідження, оволодівають складними методами обробки результатів і переконуються: справжня наука не може бути надуманою, а результати завжди грунтуються на дійсно доведених фактах. Крім того, учні вчаться шукати і реферувати наукову літературу, писати звіт, захищати свої ідеї, обстоювати власну позицію, брати участь у наукових дискусіях. Вони мають можливість обмінюватися досвідом своєї роботи, виступаючи на конкурсах-захистах МАН. Це – шлях до створення кращих можливостей для самореалізації обдарованих дітей, формування атмосфери наукового спілкування. У майбутньому їм знадобляться набуті знання, навички пошукової, дослідницької роботи, вміння самостійно проводити експерименти, працювати з науковою літературою.